Lapangan Terbang Antarabangsa Munich memulakan operrasi dalam tahun 1992 menggantikan Lapangan Terbang Antarabangsa Munich-Riem. Ketika kerja pembinaan dimulakan, sebuah perkampunngan bernama Franzheim terpaksa dirobohkan. Penduduk kampung tersebut sebanyak 500 orang telah dipindahkan ke kawasan sekitarnya.

Merujuk Lapangan Terbang Antarabangsa Franz Josef Strauss kepada nama rasminya kadangkala agak janggal malah pihak berkuasa lapangan terbang sendiri menggunakan nama "Flughafen München Gesellschaft" (Munich Airport Company). Di Muninch sendiri penduduknya lebih senang mengunakan terma "Flughafen München" (Munich Airport), kadangkala "Flughafen München II" atau hanya MUC.

Pada June 2003, Terminal 2 telah bejaya disiapkan, dan menempatkan rakan sekutu Star Alliance secara eksklusif.

Oleh sebab peningkat trafik udara di Lapangan Terbang Antarabangsa Munich, pembinaan landasan terbang ketiga sedang dirangka. Pembukaan landasan terbang ketiga ini bakal mengurangkan kelewatan teuk yang berlaku semasa musim sejuk ketika penurunan salji tebal. Sepertimana projek pembesaran Lapangan Terbang Antarabangsa Frankfurt, Lapangan Terbang Antarabangsa Munich mendapat tentangan daripada penduduk sekitarnya. Malah tuntutan mahkamah juga telah difailkan bagi menghalang pembinaan landasan terbang tersebut.